两年来，基本制度带给的对价格的变革，引发了医药业极大的争议，药企指出超低价药品变形了市场价格体系，基层医疗机构也面对补偿严重不足的窘境。自2009年3月医药卫体制改革启动，两年时间早已过去。
两年来，基本药物制度触碰到的药品价格神经，引发了医药行业极大的争议。在基层医疗机构担忧补偿过于的同时，制药企业面临新的利益格局大大叫苦。安徽模式之争令其涉及利益方叫苦不迭的关键是国务院办公厅印发的一纸文件。2月13日，国务院办公厅印发《医药卫生体制五项重点改革2011年度主要工作决定》。
根据该决定，2011年中国将不断扩大基本药物制度的实行范围，在所有政府办基层医疗机构实行国家基本药物制度，实施药品零差率销售。所谓零差率销售，是所指按药品招标价销售，仍然按以往惯例调高15%。在全国范围内，基本药物制度的实行路径十分具体，就是实施省级集中于网上公开招标订购、统一仓储，全部配有用于基本药物并构建零差率销售，其中最有影响力的是安徽模式。
所谓安徽模式，其主要特色之后在于以“双纸条”制(经济技术标书和商务标书)，展开基本药物招标。明确而言，“经济技术标书”主要对企业生产规模、仓储能力、销售额，以及GMP(GSP)证书(药品生产质量管理规范证书和药品经营质量管理规范证书)、药品质量抽查抽验情况、电子监管能力等指标展开评审，合格的企业再行经过“商务标书”评审，最后由价格低于者中标。
根据安徽省卫生厅药品招标采购中心2011年2月发布的数据，实行“双纸条”制，安徽省在基本药物省级统一招标订购中，平均值采购价高于国家指导价52.8%。3月9日，十一届全国人大四次会议举办新闻发布会，孙志刚以国家发改委副主任、国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室(全称“国务院医改办”)主任的身份经常出现在媒体面前。在去年年底之前，孙志刚的职务还是安徽省委常委、常务副省长，“安徽模式”就是他主抓的安徽省医药卫生体制改革模式。“孙志刚兼任医改办主任就早已表达了’安徽模式’将全国推展的信号。
”一位医药行业的分析师回应。事实上，2010年11月19日，国务院办公厅之后印发了《关于创建和规范政府办基层医疗卫生机构基本药物订购机制的指导意见》，建议在全国范围内推展“双纸条制”的基本药物招标订购模式。但对“双纸条”制，批评声也随之而来。
批评者的主要理由是，在实际操作中，完全所有药品生产企业都能符合“经济技术标书”拒绝，最后只由“价格低于”因素要求。因此，最后中标者多为中小药企，大型药企中标者寥寥几。回应，不少制药企业指出，招标产生的超低价药品，变形了市场的价格体系，难道不会带给药品质量的减少。
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